Il lapidario è distribuito principalmente lungo i portici dei due chiostri rinascimentali. Fra il materiale d'epoca romana si segnalano importanti stele funerarie della flotta classense, il cosiddetto bassorilievo di Augusto ed elementi architettonici da Porta Aurea; numerosi i rilievi d'età bizantina.
Fra i reperti di scavo, oltre a testimonianze d'epoca preistorica, ampiamente rappresentato è il materiale d'età romana dagli scavi della Villa Romana di Russi e del territorio classense. Importanti ritrovamenti sono costituiti dal nucleo relativo agli scavi del cd Palazzo di Teodorico, e quello pertinente ai lavori in Sant'Apollinare in Classe (1970-1976), soprattutto per la grande sinopia rinvenuta sotto la decorazione musiva absidale.

Le arti cosiddette "minori", tradizionalmente suddivise a seconda dei materiali, rappresentano una vasta parte delle collezioni museali. Le raccolte più ampie sono: le ceramiche, che comprendono vari settori quali l'istoriato, la ceramica da farmacia, il graffito, la maiolica settecentesca; le icone, che documentano ampiamente la scuola cretese veneziana; gli avori, tra cui si distinguono famosi esemplari come il Dittico di Murano (sec. VI) e la tavoletta con Apollo e Dafne (sec. V).
Nella collezione delle stoffe sono compresi rarissimi reperti di età altomedievale, come il Velo di Classe (sec. VIII-IX) e il Drappo di San Giuliano (sec. IX); sono presenti anche stoffe cotte provenienti dalla necropoli di Antinoe, mentre un'interessante testimonianza del gusto collezionistico caratteristico del Rinascimento è data dalla sezione dei piccoli bronzi e delle placchette.