Il Museo di Scienze Naturali nasce nel 1970 - ospitato nei locali della Loggetta Lombardesca di Ravenna - grazie alla raccolta ornitologica donata al Comune di Ravenna dalle sorelle di Alfredo Brandolini, famoso naturalista ravennate. La collezione Brandolini raccoglie gli uccelli della provincia di Ravenna e della Romagna: sono conservate tutte le specie nelle varie forme ed età che dalla Via Emilia popolano le pianure, le pinete e le valli fino al mare, a partire dal pettirosso, il primo esemplare imbalsamato dal Brandolini nel 1906.

Nel corso degli anni la collezione è stata notevolmente ampliata fino a comprendere esemplari di tutte le parti del mondo. Unitamente all'ampliamento delle raccolte ornitologiche, il Museo ha allargato i suoi confini, sia con donazioni che con acquisizioni, aprendo nuove sezioni rappresentative di larga parte delle scienze naturali.

Oggi il Museo, oltre alle collezioni di uccelli, conserva le farfalle diurne d'Italia, tutte le specie italiane, le farfalle notturne d'Italia con 117 specie, le farfalle esotiche e gli invertebrati tipici di tutto il mondo, i cerambicidi delle pinete ravennati, i mammiferi che presentano fra gli altri rarissimi esemplari asiatici, i mammiferi del ravennate, i rettili e i rettili del ravennate, le conchiglie dell'Adriatico, le conchiglie di acqua dolce della Romagna, le conchiglie di terra della Romagna.